Hiện nay, tỉnh Hà Giang có trên 50 cơ sở hoạt động tín ngưỡng, các hoạt động tín ngưỡng ở Hà Giang hầu hết được gắn với các di tích lịch sử - văn hóa nhiều cơ sở hoạt động tín ngưỡng có giá trị đã được ngành Văn hóa, Thể thao và Du lịch lập hồ sơ trình các cấp xếp hạng. Tiêu biểu có một số ngôi chùa thời Trần có giá trị được xếp hạng cấp quốc gia như: Chùa Sùng Khánh, Chùa Bình Lâm, Chùa Nậm Dầu (huyện Vị Xuyên); nhiều đền, đình, miếu có giá trị về mặt lịch sử, tín ngưỡng được xếp hạng cấp tỉnh như: Đền Mẫu (thành phố Hà Giang), Đền Trần, Đền Chúa Bà (huyện Bắc Quang), Đình Mường (Huyện Xín Mần), Đền Vinh Quang (Huyện Hoàng Su Phì), Chùa Quan Âm (Huyện Đồng Văn), Đình Bản Chún (huyện Quang Bình)...Ngoài ra còn nhiều cơ sở thờ tự, đền, chùa chưa được xếp hạng như: Miếu Thổ Công (huyện Mèo Vạc), Đền Thác Con, Chùa Quan Thế Âm (Thành Phố Hà Giang), Đền Cầu Má (huyện Vị Xuyên)...Các di tích lịch sử văn hóa gắn với hoạt động tín ngưỡng hầu hết đều có Ban quản lý di tích, có người trông coi bảo vệ, một số điểm đặt hòm công đức để trang trải cho công tác bảo tồn, vệ sinh môi trường... Phần lớn hoạt động tín ngưỡng tại các cơ sở đều mang ý nghĩa tốt đẹp như tưởng nhớ các bậc tiền nhân, các vị anh hùng dân tộc, xin các vị thần phù hộ cho mưa thuận gió hòa, làng bản yên vui, nhà nhà mạnh khỏe, hạnh phúc...

Nhìn chung các cơ sở tín ngưỡng trên địa bàn tỉnh hoạt động tuân thủ theo các quy định của pháp luật, phạm vi tổ chức của các cơ sở thờ tự chủ yếu quy mô nhỏ, không phức tạp. Đối với các cơ sở được xếp hạng các cấp đều thành lập Ban quản lý di tích do Phó chủ tịch UBND xã làm trưởng ban và các thành viên là công chức văn hóa xã hội, người có liên quan trực tiếp đến di tích hoặc am hiểu về di tích; trưởng thôn, tổ trưởng dân phố hoặc người có uy tín cư trú tại nơi có di tích được nhân dân tín nhiệm và đề xuất...Hầu hết các di tích gắn với tín ngưỡng đều hoạt động hiệu quả và chịu sự quản lý của chính quyền địa phương. Đối với các cơ sở tín ngưỡng chưa được xếp hạng chủ yếu do nhân dân tự quản và tự bình chọn người có uy tín để trông coi và thờ tự. Hoạt động tín ngưỡng đã góp phần giữ gìn, phát huy giá trị văn hóa truyền thống, củng cố khối đại đoàn kết các dân tộc. Các nguồn thu từ hoạt động tín ngưỡng đều sử dụng đúng mục đích: tu sửa, tôn tạo cơ sở thờ tự hoặc phục vụ các hoạt động tại địa phương.

Tuy nhiên, hoạt động tín ngưỡng ở Hà Giang vẫn còn những hạn chế nhất định như: một số cơ sở tín ngưỡng chưa được xếp hạng và không có sự quản lý của nhà nước nên hoạt động tín ngưỡng còn bị buông lỏng, tại các cơ sở này còn để xảy ra tình trạng mê tín dị đoan, bói toán, xóc thẻ, xin bùa.... Chưa có sự phối hợp thống nhất giữa cơ quan quản lý văn hóa và cơ quan quản lý tôn giáo tín ngưỡng tại địa phương. Một số cơ quan quản lý nhà nước chưa nhận thức rõ về hoạt động tín ngưỡng đôi khi còn nhầm lẫn giữa tín ngưỡng và tôn giáo. Các cơ quan chức năng quản lý về lễ hội tín ngưỡng chưa đồng bộ thường chỉ quan tâm về phần hội mà chưa chú trọng phần nghi lễ. Bên cạnh đó do tác động của mặt trái cơ chế thị trường, nên các giá trị về lợi ích kinh tế đang có xu hướng lấn át các giá trị văn hóa, dẫn đến nhận thức sai lệch về mục đích tổ chức các hoạt động tín ngưỡng tại cơ sở địa phương. Một bộ phận quần chúng nhân dân cũng như Ban quản lý coi di tích và lễ hội là nguồn lợi để tập trung khai thác giá trị kinh tế, thương mại hóa các loại hình dịch vụ trong các lễ hội tín ngưỡng. Đây là điều kiện phát sinh tình trạng lộn xộn, phức tạp trong các hoạt động tín ngưỡng, làm ảnh hưởng đến giá trị văn hóa truyền thống tốt đẹp của tín ngưỡng, gây bức xúc trong quần chúng nhân dân. Một số cơ sở tín ngưỡng hình thành mang tính tự phát, tự ý xây dựng nơi thờ tự, không làm thủ tục theo quy định của Nhà nước làm ảnh hưởng đến tình hình an ninh, trật tự xã hội tại các địa phương.

Để khắc phục những tồn tại hạn chế đó, trong những năm qua ngành Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Hà Giang đã tập trung chỉ đạo các đơn vị chức năng thuộc ngành tuyên truyền Pháp lệnh tín ngưỡng tôn giáo ngày 18 tháng 6 năm 2004 và Nghị định số 92/2012/NĐ-CP ngày 08 tháng 11 năm 2012 quy định chi tiết và biện pháp thi hành Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo. Đồng thời  tham mưu cho UBND tỉnh ban hành Quyết định 3316/QĐ-UBND ngày 11/12/2006 Quy định về việc quản lý di tích lịch sử- văn hóa đã được Nhà nước xếp hạng trên địa bàn tỉnh Hà Giang, theo đó các di tích lịch sử đã được phân cấp về các huyện, thành phố để quản lý theo đúng thẩm quyền. Một số di tích lịch sử văn hóa thường gắn với hoạt động tín ngưỡng như các đền chùa... Để công tác quản lý hoạt động tín ngưỡng đạt hiệu quả, đúng với chủ trương, đường lối của Đảng và chính sách của Nhà nước, trong thời gian tới ngành đã chủ trương tiếp tục tổ chức tuyên truyền các chủ trương của Đảng, chính sách pháp luật, các văn bản về công tác tín ngưỡng, tôn giáo đến đồng bào, các chức sắc, tín đồ tôn giáo... Tăng cường sự phối hợp giữa ngành với ngành, ngành với cấp trong công tác chỉ đạo, điều hành và kiểm tra hoạt động tín ngưỡng trên địa bàn tỉnh, hạn chế các cơ sở thờ tự tín ngưỡng tự phát. Phát huy giá trị tốt đẹp trong hoạt động tín ngưỡng dựa trên cơ sở kế thừa, tiếp thu có chọn lọc những yếu tố tiến bộ, tích cực; loại bỏ những yếu tố cổ hủ, lạc hậu, không tiến bộ và hạn chế tiêu cực trong hoạt động tín ngưỡng. Khơi dậy ý thức tự giác của mỗi người dân để họ tự ý thức và giúp họ nhận thức đúng đắn về ý nghĩa của việc thờ cúng thờ tự, để không bị lôi kéo vào hiện tượng mê tín dị đoan hoặc bị các phần tử xấu lợi dụng... Đồng thời, tích cực chủ động tham mưu cho tỉnh ban hành các cơ chế chính sách, các quy định tăng cường công tác quản lý tín ngưỡng tôn giáo để hoạt động tín ngưỡng tôn giáo tại các điểm di tích đáp ứng nhu cầu văn hóa tâm linh của nhân dân, góp phần phát huy tuyền thống tốt đẹp và tăng cường tình đoàn kết, phát triển du lịch tâm linh xây dựng Hà Giang ngày càng phát triển.